U Sektoru za informacioni sistem budžeta i trezora se obavljaju informatički poslovi projektovanja, implementacije, izrade i razvoja informacionog sistema BISTrezor. Sektor obavlja poslove pripreme, održavanja i razvoja programskih aplikacija neophodnih za automatizaciju poslova planiranja i izvršenja budžeta AP Vojvodine. U Sektoru se vrši kontrola sprovođenja poslovnih procesa i procene rizika u poslovnim operacijama iz delokruga Sektora. Obavljaju se poslovi osposobljavanja i obučavanja zaposlenih u Sekretarijatu i finansijskim službama direktnih budžetskih korisnika za rad na aplikacijama razvijenim u Sekretarijatu. Sektor održava računarsku opremu Sekretarijata. Odobravaju se zahtevi za instalaciju BISTrezor-a kod direktnih budžetskih korisnika, zaprimaju i odobravaju zahtevi za dodelu prava u okviru sistema BISTrezor. Otvaraju se pristupne šifre za zaposlene u organima pokrajinske uprave za rad u sistemu BISTrezor-a. Sektor obezbeđuje funkcionisanje informacionog sistema u skladu sa zahtevima postavljenim međunarodnim računovodstvenim standardima. Sektor uspostavlja i razvija saradnju sa organizacionom jedinicom za informacione tehnologije organa nadležnog za zajedničke poslove pokrajinskih organa. Sektor se stara o elektronskom plaćanju i drugoj elektronskoj komunikaciji sa drugim državnim organima i institucijama. U Sektoru se obavljaju poslovi zaštite, arhiviranja i čuvanja baze podataka u okviru BISTrezora. Sektor obezbeđuje nesmetan rad baze podataka za pristup modulima u okviru sistema BISTrezor. Obavljaju se poslovi uspostavljanja zaštite podataka i sprovođenja mera zaštite podataka i sistema na način koji stepen rizika svodi na najmanju meru i uspostavljanje određenih pravila radi sprovođenja efikasne zaštite informacionog sistema i onemogućavanje zloupotrebe delova sistema ili celog sistema. Sektor obezbeđuje uslove za unapređivanje znanja i veština zaposlenih, prati i proučava propise iz delokruga rada i po potrebi pokreće inicijativu za izmenu istih.
U Sektoru za izradu i održavanje informacionog sistema uža unutrašnja jedinica je Odeljenje za izradu i održavanje informacionog sistema.