U Sektoru za poslove knjigovodstva obavljaju se finansijsko – materijalni i stručno – operativni poslovi koji obuhvataju: knjiženje u glavnoj knjizi trezora, usaglašavanje knjigovodstvenog stanja po ekonomskoj klasifikaciji na šestocifrenom nivou i sravnjenja sa pomoćnim knjigama i izveštajima o izvršenju budžeta na mesečnom nivou. Obavljaju se poslovi pripreme i distribucije izvoda otvorenih stavki za direktne korisnike. Sektor ostvaruje saradnju sa direktnim korisnicima pri popisu i usaglašavanju knjigovodstvenog stanja sa stanjem po popisu. Obavljaju se poslovi popunjavanja i sastavljanja statističkih i drugih izveštaja knjiženja po zahtevima za plaćanje i drugim dokumenatima dostavljenim od strane direktnih budžetskih korisnika, kao i priprema i sprovođenje izvedenih računovodstvenih isprava. U Sektoru se prate propisi iz oblasti budžetskog sistema, kao i primena opštih akata o budžetskom računovodstvu i primena međunarodnih računovodstvenih standarda. Sektor izrađuje završni račun budžeta. U Sektoru se obavljaju poslovi bilansiste i kontrole knjiženja bilansa, praćenja i kontrole računovodstvenog evidentiranja glavne knjige računa izvršenja budžeta i pomoćnih knjiga i izrađuje se evidencija o stanju i promenama na imovini, obavezama, kapitalu, prihodima i rashodima koji se vode na nivou budžeta. Sektor obavlja poslove u vezi sa računovodstvenim evidentiranjem promena u glavnoj knjizi trezora i konsolidacijom podataka iz glavnih knjiga direktnih i indirektnih korisnika pokrajinskog budžeta na osnovu obrazaca završnih računa za potrebe izrade konsolidovanog završnog računa budžeta AP Vojvodine. Vrši se projektovanje i implementacija programskih rešenja za konsolidaciju podataka po Obrascima završnog računa budžeta. Izrađuju se uputstva za korišćenje novih modula u sistemu BISTrezor za poslove knjigovodstva i pruža podrška korisnicima u implementaciji datih modula. Arhivira se računovodstvena dokumentacija i obavljaju i drugi poslovi u skladu sa zakonima i drugim propisima. Sektor sarađuje sa finansijskim službama direktnih korisnika budžeta, a posredstvom njih i sa indirektnim budžetskim korisnicima iz njihove nadležnosti. Sektor ostvaruje neposrednu saradnju sa nadležnim republičkim, pokrajinskim, regionalnim i lokalnim organima, organizacijama, ustanovama i institucijama i drugim pravnim licima koji se bave pre svega finansijskim poslovima. Sektor obezbeđuje uslove za unapređivanje znanja i veština zaposlenih, prati i proučava propise iz oblasti javnih finansija i po potrebi pokreće inicijativu za izmenu istih.
U Sektoru za poslove knjigovodstva uža unutrašnja jedinica je Odeljenje za knjigovodstvo.