У Сектору за информациони систем буџета и трезора се обављају информатички послови пројектовања, имплементације, израде и развоја информационог система BISTrezor. Сектор обавља послове припреме, одржавања и развоја програмских апликација неопходних за аутоматизацију послова планирања и извршења буџета АП Војводине. У Сектору се врши контрола спровођења пословних процеса и процене ризика у пословним операцијама из делокруга Сектора. Обављају се послови оспособљавања и обучавања запослених у Секретаријату и финансијским службама директних буџетских корисника за рад на апликацијама развијеним у Секретаријату. Сектор одржава рачунарску опрему Секретаријата. Одобравају се захтеви за инсталацију BISTrezor-а код директних буџетских корисника, запримају и одобравају захтеви за доделу права у оквиру система BISTrezor. Отварају се приступне шифре за запослене у органима покрајинске управе за рад у систему BISTrezor-а. Сектор обезбеђује функционисање информационог система у складу са захтевима постављеним међународним рачуноводственим стандардима. Сектор успоставља и развија сарадњу са организационом јединицом за информационе технологије органа надлежног за заједничке послове покрајинских органа. Сектор се стара о електронском плаћању и другој електронској комуникацији са другим државним органима и институцијама. У Сектору се обављају послови заштите, архивирања и чувања базе података у оквиру BISTrezora. Сектор обезбеђује несметан рад базе података за приступ модулима у оквиру система BISTrezor. Обављају се послови успостављања заштите података и спровођења мера заштите података и система на начин који степен ризика своди на најмању меру и успостављање одређених правила ради спровођења ефикасне заштите информационог система и онемогућавање злоупотребе делова система или целог система. Сектор обезбеђује услове за унапређивање знања и вештина запослених, прати и проучава прописе из делокруга рада и по потреби покреће иницијативу за измену истих.
У Сектору за израду и одржавање информационог система ужа унутрашња јединица је Одељење за израду и одржавање информационог система.