У Сектору за послове књиговодства обављају се финансијско – материјални и стручно – оперативни послови који обухватају: књижење у главној књизи трезора, усаглашавање књиговодственог стања по економској класификацији на шестоцифреном нивоу и сравњења са помоћним књигама и извештајима о извршењу буџета на месечном нивоу. Обављају се послови припреме и дистрибуције извода отворених ставки за директне кориснике. Сектор остварује сарадњу са директним корисницима при попису и усаглашавању књиговодственог стања са стањем по попису. Обављају се послови попуњавања и састављања статистичких и других извештаја књижења по захтевима за плаћање и другим докуменатима достављеним од стране директних буџетских корисника, као и припрема и спровођење изведених рачуноводствених исправа. У Сектору се прате прописи из области буџетског система, као и примена општих аката о буџетском рачуноводству и примена међународних рачуноводствених стандарда. Сектор израђује завршни рачун буџета. У Сектору се обављају послови билансисте и контроле књижења биланса, праћења и контроле рачуноводственог евидентирања главне књиге рачуна извршења буџета и помоћних књига и израђује се евиденција о стању и променама на имовини, обавезама, капиталу, приходима и расходима који се воде на нивоу буџета. Сектор обавља послове у вези са рачуноводственим евидентирањем промена у главној књизи трезора и консолидацијом података из главних књига директних и индиректних корисника покрајинског буџета на основу образаца завршних рачуна за потребе израде консолидованог завршног рачуна буџета АП Војводине. Врши се пројектовање и имплементација програмских решења за консолидацију података по Обрасцима завршног рачуна буџета. Израђују се упутства за коришћење нових модула у систему BISTrezor за послове књиговодства и пружа подршка корисницима у имплементацији датих модула. Архивира се рачуноводствена документација и обављају и други послови у складу са законима и другим прописима. Сектор сарађује са финансијским службама директних корисника буџета, а посредством њих и са индиректним буџетским корисницима из њихове надлежности. Сектор остварује непосредну сарадњу са надлежним републичким, покрајинским, регионалним и локалним органима, организацијама, установама и институцијама и другим правним лицима који се баве пре свега финансијским пословима. Сектор обезбеђује услове за унапређивање знања и вештина запослених, прати и проучава прописе из области јавних финансија и по потреби покреће иницијативу за измену истих.
У Сектору за послове књиговодства ужа унутрашња јединица је Одељење за књиговодство.